Polishchuk, L. V. Similarity of genomic sequences of five streptomyces globisporus strains [Text] / L. V. Polishchuk // Мікробіологічний журнал. - 2020. - Том 82, N 1. - P43-50 MeSH-головна: СТРЕПТОМИЦЕТЫ -- STREPTOMYCES (генетика, классификация) ОСНОВАНИЙ ПОСЛЕДОВАТЕЛЬНОСТЬ -- BASE SEQUENCE (генетика) НУКЛЕИНОВЫХ КИСЛОТ ПОСЛЕДОВАТЕЛЬНОСТИ ПОВТОРЯЮЩИЕСЯ -- REPETITIVE SEQUENCES, NUCLEIC ACID (генетика) Анотація: Актуальність проведеного дослідження полягає в тому, що його результати, по-перше, будуть корисні при класифікації стрептоміцетів до таксонів нижчого порядку, по-друге – використовуватимуться в дослідженнях по еволюції організмів на молекулярному рівні. Аналогічні дослідження широко проводяться на генах домашнього гоcподарства (наприклад, 16S рРНК). Однак цікаво вивчити успішність застосування в таких дослідженнях генів, що визначають необов’язкові білки. Метою дослідження було встановити схожість нуклеотидних послідовностей геномних ДНК п’яти штамів виду Streptomyces globisporus і визначити можливість використання при визначенні спорідненості стрептоміцетів аналізу нуклеотидних послідовностей генів, що кодують неважливі для виживання білки або кластери таких генів (на прикладі crt-генів). Матеріали і методи. Первинні структури геномів 5-ти штамів Streptomyces globisporus C-1027, TFH56, NRRL B-2709, NRRL B-2293 і 1912-4Сrt були об’єктами наших досліджень. Інформація була отримана з баз даних сервера NCBI. Комп’ютерний аналіз послідовності геномів стрептоміцетів проводився за допомогою програм BLAST. Результати. Послідовності геномів 5-ти штамів S. globisporus були проаналізовані за допомогою програми BLAST. Була виявлена схожість багатьох їх характеристик, але було визначено також існування багатьох відмінностей в послідовностях цих геномів. Виявлено, що нуклеотидна послідовність геному (як всього геному, так і його окремих фрагментів) штаму S. globisporus NRRL B-2293 найбільш відрізняється значеннями аналізованих характеристик від послідовностей інших 4 штамів. Ми передбачаємо, що необхідно переглянути належність штаму NRRL B-2293 до виду S. globisporus. Ексклюзивна організація його сrt-кластера може слугувати вдалим прикладом такого роду. Висновок. При проведенні класифікації буде корисно (як додаток до характеристик геному, що традиційно використовуються) аналізувати як факультативні гени, так і кластери генів – їх присутність в геномах стрептоміцетів, рівень схожості нуклеотидних послідовностей генів і організацію кластерів генів. Вільних прим. немає |