Форма документа : Стаття із журналу Шифр видання : Автор(и) : Данкевич Л. А. Назва : Ідентифікація збудників м’якого гниття та в’янення огірків в Україні на основі аналізу нуклеотидної послідовності гену 16S рРНК Місце публікування : Мікробіологічний журнал. - К., 2018. - Том 80, N 2. - С. 92-103 (Шифр МУ14/2018/80/2) MeSH-головна: ОГУРЕЦ ПОСЕВНОЙ -- CUCUMIS SATIVUS ОСНОВАНИЙ ПОСЛЕДОВАТЕЛЬНОСТЬ -- BASE SEQUENCE PECTOBACTERIUM -- PECTOBACTERIUM Анотація: Мета. Дослідити спорідненість нуклеотидних послідовностей гена 16S pPHК 5 ізольованих штамів Pectobacterium sp. та 9 колекційних штамів «Erwinia toxica», а також окремих типових представників родів Pectobacterium, Erwinia, Dickeya для коректної ідентифікації даної групи штамів на рівні виду. Матеріали і методи. Об’єкти — 5 штамів Pectobacterium sp., ізольованих з уражених рослин огірків, та 9 колекційних штамів «Erwinia toxica». Ген 16S pPHK ампліфікували з використанням універсальних праймерів рА та рН. Побудову компліментарної послідовності, редагування і вирівнювання послідовностей здійснювали за допомогою програм Multalin і Sequence Manipulation Suite. Пошук нуклеотидних послідовностей гена 16S рРНК, споріднених із досліджуваними, в GenBank проводили, використовуючи програму BLASTN. Для побудови дендрограми філогенетичних зв’язків застосовували програму MEGA5. Результати. Аналіз нуклеотидної послідовності гена 16S рРНК встановив високий рівень ідентичності (98-99 %) досліджуваних штамів з наступними типовими штамами P. carotovorum subsp. carotovorum ICMP 5702, P. carotovorum subsp. odoriferum LMG 17566, P. carotovorum subsp. brasiliensis NZEC1. Досліджувані штами також мають значну генетичну спорідненість (97-98 % ідентичності нуклеотидної послідовності гена 16S рРНК) із представниками видів P. atrosepticum, P. betavasculorum, P. wasabiae, P. aroidearum. Висновки. Значний відсоток ідентичності нуклеотидних послідовностей гена 16S рРНК (98 - 99 %) колекційних штамів «Erwinia toxica» та ізольованих нами штамів Pectobacterium sp. з окремими типовими представниками видів роду Pectobacterium наводить на думку про неправомірність виділення «Erwinia toxica» у окрему таксономічну одиницю та можливу приналежність даної групи штамів до вже відомих видів. Оскільки, згідно даних літератури, зазначені вище підвиди є близькоспорідненими та погано диференціюються за гомологією нуклеотидних послідовностей гена 16SpPHK, для остаточної видової ідентифікації досліджуваних нами штамів необхідно вивчити інші генотипові ознаки.