Development of novel low-copy nuclear gene primers by transcriptomes in an endemic genus orinus Hitchc. (Poaceae) from the Qinghal-Tibet Plateau / Liu. Yuping [et al.] // Цитология и генетика. - 2019. - Том 53, N 3. - С. 78-79 MeSH-главная: ЗЛАКОВЫЕ -- POACEAE (генетика) ТРАНСКРИПТОМ -- TRANSCRIPTOME (генетика) ДНК ПРАЙМЕРЫ -- DNA PRIMERS (генетика) ГЕНЕТИКА ПОПУЛЯЦИОННАЯ -- GENETICS, POPULATION Аннотация: In the present study, a total of eleven low-copy nuclear gene markers were developed using transcriptomes for the plant genus Orinus Hitchc. (Poaceae), which comprises three species of grasses widely distributed in the Qinghai-Tibet Plateau. These developed markers were successfully amplified and sequenced for 90 individuals from nine populations of three Orinus species. The DNA sequences for the eleven loci ranged from 606 to 1152 aligned based pairs. Compared with four candidate DNA barcoding markers in our previous studies, the newly developed markers had a relatively higher number of variable sites than three cpDNA spacers (7-20 vs 1-8), but slightly lower than those of the internal transcribed spacers (ITS). Hence, these novel low-copy nuclear gene primer pairs were validly useful for the study of phylogeography, phylogenetic analysis and population genetics. Moreover, they could be used in phylogeny reconstruction and speciation for a broad range of Orinus and even the entire subtribe Tridentinae Одинадцять маркерів низькокопійних ядерних генів було розроблено у цьому дослідженні за допомогою транскриптом роду Orinus Hitchc. (Poaceae), до якого входять три види трав, широко розповсюджених на Цинхай-Тібетському нагір’ї. Розроблені маркери були успішно ампліфіковані та секвеновані для 90 окремих рослин з дев’яти популяцій трьох видів Orinus. Послідовності ДНК для одинадцятьох локусів були в діапазоні від 606 до 1152 зв’язаних пар основ. Порівняно з чотирма перспективними маркерами ДНК-штрихкодування з наших попередніх досліджень, розроблені новітні маркери мали відносно вищу кількість змінних сайтів, ніж три спейсери пластом (7-20 проти 1-8), однак дещо нижчу у порівнянні з внутрішніми транскрибованими спейсерами (ITS). Таким чином, ці новітні пари праймерів низькокопійних ядерних генів були дуже корисними для вивчення філогеографії, філогенетичного аналізу і популяційної генетики. Окрім того, вони можуть бути корисними для реконструкції філогенезу і формування видів з широкого діапазону Orinus та навіть всього підколіна Tridentinae Доп.точки доступа: Yuping, Liu Xu, Su. Ting, Lv. Kelong, Chen Свободных экз. нет