Detection of Alkali-labile sites on satellite DNA by DNA breakage coupled with fluorescence in situ hybridization (DNA-FISH) monitor DNA damage in cervical epithelial cells : реферат статті, опублікованої в журналі "Cytology and genetics", № 2, 2020 р. / C. Garcia-Vielma [et al.] // Цитологія і генетика = Cytology and genetics. - 2020. - Т. 54, № 2. - P80-82 Аннотация: Satellite DNA is the main component of functional centromeres and forms the main structural constituent of heterochromatin. The presence of alkali-labile sites (ALSs) is a feature inherent to chromatin structure. Here we aimed to characterize ALSs in different satellite DNA loci in cervical epithelial cells using DNA breakage detection coupled with fluorescence in situ hybridization (DBD–FISH). Cervical epithelial cells embedded in an agarose matrix were deproteinized and exposed to alkaline denaturation, which generated single-stranded DNA (ssDNA) starting from the ends of spontaneous basal DNA breaks and ALSs. The amount of ssDNA produced within a specific sequence area could be detected by DBD–FISH using specific probes. The DBD–FISH signals, which were corrected for respective FISH signals during metaphase, were remarkably stronger in the 5 bp classical satellite DNA domains analyzed (D1Z1, D9Z3, and D16Z3) compared with alphoid satellite regions (D3Z1, D8Z2, and DXZ1). D1Z1 locus of chromome-1 being the most affected by alkali denaturation, and contrary, D3Z1 locus of chromosome –3 was the least sensitive to alkali treatment. These findings suggest a high density of constitutive ALSs–probably abasic sites–within the 5 bp satellite DNA sequences in cervical epithelial cells. The presence and relative abundance of ALSs might help explain the high frequency of spontaneous breakage and rearrangements in the pericentromeric heterochromatin of chromosomes 1, 9, and 16 when this chromatin region is undercondensed spontaneously or via induction, such as following viral infections. ALSs in these sequences could be useful tools to monitor DNA damage in cases of cervical carcinogenesis., ALSs on these sequences could be useful tools to monitor DNA damage in cases of cervical carcinogenesis Сателітна ДНК – це головний компонент функціональних центромер, який утворює основну структурну складову гетерохроматину. Присутність лужно-лабільних сайтів (ЛЛС) – це властивість, притаманна структурі хроматину. Метою цієї роботи було охарактеризувати ЛЛС у різних локусах сателітних ДНК у цервікальних епітеліальних клітинах, використовуючи виявлення розривів ДНК у поєднанні з флуоресцентною гібридизацією in situ (DBD–FISH). Цервікальні епітеліальні клітини, вставлені в агарозну матрицю, були звільнені від білків і піддані впливу лужної денатурації, після чого були сформовані однониткові ДНК (ssДНК), починаючи з кінців спонтанних розривів основних ДНК та ЛЛС. Кількість ssДНК, утворених в межах певної ділянки послідовності, визначали за методом DBD–FISH з використанням певних зондів. Сигнали DBD–FISH, скореговані щодо відповідних сигналів FISH під час метафази, були значно сильнішими у проаналізованих класичних доменах сателітних ДНК на 5 п.н. (D1Z1, D9Z3 та D16Z3) порівняно з альфа сателітними регіонами (D3Z1, D8Z2 та DXZ1). Лужна денатурація найбільше вплинула на D1Z1 локус хромосоми-1, і навпаки, локус D3Z1 хромосоми–3 був найменш чутливим до впливу лужного середовища. Ці результати демонструють високу щільність конститутивних ЛЛС – можливих AP-сайтів – у межах послідовностей сателітних ДНК на 5 п.н. у цервікальних епітеліальних клітинах. Присутність та відносна розповсюдженість ЛЛС може бути поясненням високої частотності спонтанних розривів та перебудов у перицентромерному гетерохроматині хромосом 1, 9 і 16, коли відбувається спонтанне або індуковане блокування конденсації цієї ділянки хроматину, подібно до наслідків вірусної інфекції. ЛЛС у таких послідовностях можуть бути корисним інструментом моніторингу пошкоджень ДНК у випадку цервікального канцерогенезу Доп.точки доступа: Garcia-Vielma, C. Cortes-Gutierrez, E. I. Garcia Salas, J. A. Davila-Rodrigues, M. I. Свободных экз. нет