Бібліотека Вінницького національного медичного університету ім. М.І.Пирогова

Главная

Упрощенный режим

Видео-инструкция

Описание

Базы данных

Периодические издания- результаты поиска

Вид поиска

Книги

Периодические издания

Область поиска

Формат представления найденных документов:
полный	информационный	краткий

Отсортировать найденные документы по:
автору	заглавию	году издания	типу документа

Поисковый запрос: <.>II=МУ14/2022/84/1<.>

Общее количество найденных документов : 8
Показаны документы с 1 по 8

The Features of Taxonomic Structure Formation of Soil Microbial Biome in Beta vulgaris Rhizosphere [Text] = Особливості формування таксономічної структури мікробного біому грунту в ризосфері beta vulgaris / Yu. P. Borko [та ін.] // Мікробіологічний журнал. - 2022. - Т. 84, № 1. - P3-16. - Bibliogr. at the end of the art.

MeSH-главная:
ПОЧВЫ МИКРОБИОЛОГИЯ -- SOIL MICROBIOLOGY
ОНТОГЕНЕЗ
РИЗОСФЕРА -- RHIZOSPHERE
Аннотация: The necessity to increase the production of quality agricultural products in order to minimize using of agrochemicals while maintaining high profitability of production are required a comprehensive study of the determining factor of soil fertility – its biological component. Research of the microbiocenoses formation in the plants rhizosphere at all ontogenesis stages will allow to uncover the mechanisms of microbial-plant interaction and develop effective ways to increase crop productivity with high functional activity and homeostasis of the soil microbiome. The goal is to study the structure of the microbial complex and biodiversity of Beta vulgaris rhizosphere during ontogenesis by classical microbiological and molecular-biological methods. Methods. The number of microorganisms was determined by the method of inoculation soil microbial suspension on agar nutrient media, the structure of the qualitative composition of microorganisms was identified by morphologically-cultural properties, the morphology of isolated isolates – by microscopy of fixed preparations. The diversity of soil microbial complexes was evaluated by the Shannon, Simpson, and Berger-Parker ecological indices. The taxonomic structure of prokaryotes was determined by pyrosequencing. Results. The differentiation of the soil microbiota number was observed during the Beta vulgaris ontogenesis due to the intensity production of root exudates by the plant. The number of bacteria and micromycetes are increased 1.8–2.3 times, however, in the phase of leaves closing in-row spacing, the number of fungal microbiota decreased by 46.4%. Microbial complexes were differed in the number of detected morphotypes (27–50) and in the structure of the distribution of dominant forms (the total number of dominant forms of bacteria was decreased during the growing season, micromycetes – was increased). Analysis of the prokaryotes metagenome by pyrosequencing made it possible to identify 214 operational taxonomic units, 10.1% of which are forms that are not cultivated on nutrient media, 23.3% are unclassified. Among the identified taxonomic units, 96.2% were identified at the order level, 85.7% – at the family level, 76.7% – at the genus level. Among the identified taxonomic units were 15 phyla bacteria and 1 – archaea, among which 96 taxonomic units, families – 167, genera – 214 we found at the level of microbial orders. The dominant forms among the identified phyla were Proteobacteria (65.7%) and Actinobacteria (20.5%); orders – Burkholderiales (38.7%) and Pseudomonadales (20.1%); families – Alcaligenacea (37.9%), Pseudomonadaceae (20.1 %); Gaiellaceae (5.7%), Nitrososphaeraceae (4.2%); genera – Achromobacter (31.5%) and Pseudomonas (19.9%). The soil microbial complex was characterized by high biodiversity according to the indicators According to the indicators of ecological indices, determined on the basis of the results of classical microbiological and molecular biological research methods, it is established that the microbial complex of the soil was characterized by high biodiversity. Although the Shannon (I Sh=5.36) and Simpson (IS=0.87) indexes, based on the pyrosequencing method results, were significantly higher than similar indicators identified by classical microbiological methods. Conclusions. During the ontogenesis of Beta Vulgaris, including due to the intensity of plant production of root exudates, the number of bacteria and micromycetes in the rhizosphere of plants increased. It was accompanied by a redistribution of structural composition and an increase of the microorganisms’ diversity (ISh=5.36). It found that among the identified 214 taxonomic units, 10.1% – forms that are not cultivated on nutrient media, 23.3% – are unclassified. Our studies showed that the structure of the microbial complex of the plants’ rhizosphere reflects the characteristics of the soil and can be used as an indicator of ecological status. The obtained results (conducted for the first time in the Forest-Steppe of Ukraine) deepen the knowledge about the true scale of natural genetic diversity of microbial complexes and are a valuable asset for substantiating practical proposals for effective adaptive interactions in the plant-microorganism system to preserve the homeostasis agroecosystems
Необхідність збільшення виробництва якісної сільськогосподарської продукції за умови мінімізації викорис¬тання агрохімікатів зі збереженням високої рентабельності виробництва вимагає проведення комплексних досліджень визначального фактору ґрунтової родючості — його біологічної складової. Саме дослідження осо¬бливостей формування мікробіоценозів у ризосфері рослин на всіх стадіях онтогенезу дозволить розкрити механізми мікробно-рослинної взаємодії і розробити ефективні шляхи підвищення продуктивності сільсько¬господарських культур на фоні високої функціональної активності та гомеостазу складової мікробного біому фунту. Мста. Дослідити класичними мікробіологічними і молекулярно-біологічними методами структуру мікробного комплексу та біорізноманіття ризосфери Beta vulgaris протягом онтогенезу. Методи. Чисельність мікроорганізмів визначали за методом посіву ґрунтових суспензій на агаризовані поживні середовища; струк¬туру якісного складу мікроорганізмів — за морфологічно-культуральними властивостями; морфологію виділених ізолятів — за допомогою мікроскопіювання фіксованих препаратів. Різноманіття мікробних комплексів ґрунту оцінювали за екологічними індексами ІІІеннона, Сімпсона та Бергера-Паркера. Таксономічну структуру прокаріотів визначали за методом піросеквенування. Результати. Протягом онтогенезу Beta vulgaris за ра¬хунок інтенсивності продукування рослинами кореневих ексудатів спостерігали диференціацію чисельності фунтової мікробіоти. Чисельність бактерій і мікроміцетів збільшувалась у 1—2.3 рази, проте у фазі змикання листків у міжрядді чисельність грибної мікробіоти зменшувалась на 46.4 %. Мікробні комплекси відрізнялися за кількістю виявлених морфотипів (27—50) і за структурою розподілу домінуючих форм (протягом вегета¬ції культури загальна кількість домінуючих форм бактерій зменшувалась, а мікроміцетів — збільшувалась). Аналіз метагеному прокаріотів методом піросеквенування дав змоіу виявити 214 операційних таксономічних одиниць, 10.1 % з яких — це форми, які не культивуються на поживних середовищах, а 23.3 % — не класи¬фіковані
Доп.точки доступа:
Borko, Yu. P.
Patyka, M. V.
Boiko, M. V.
Honchar, A. M.
Sinchenko, V. M.

Свободных экз. нет

Найти похожие

Retrospective Analysis of Antibiotic Therapy and Sensitivity to Antifungals of Fungi of the Genus Candida, Secreted from Patients with Viral-Bacterial Pneumonia Associated with COVID-19 [Text] = Ретроспективний аналіз антибіотикотерапії та чутливість до антимікотиків грибів роду candida, виділених від хворих на вірусно-бактеріальну пневмонію, асоційовану з COVID-19 / L. B. Romanyuk [та ін.] // Мікробіологічний журнал. - 2022. - Т. 84, № 1. - P17-23. - Bibliogr. at the end of the art.

MeSH-главная:
АНТИБАКТЕРИАЛЬНЫЕ СРЕДСТВА -- ANTI-BACTERIAL AGENTS (анализ, фармакология)
ПНЕВМОНИЯ БАКТЕРИАЛЬНАЯ -- PNEUMONIA, BACTERIAL (лекарственная терапия)
КОРОНАВИРУСНЫЕ ИНФЕКЦИИ -- CORONAVIRUS INFECTIONS
КАНДИДЫ -- CANDIDA (действие лекарственных препаратов)
Аннотация: The appointment of antibacterial agents for the treatment of pneumonia that develops with COVID-19 is one of the treatment regimens. Antibacterial agents are prescribed only in the case of presence of confirmed bacterial co-infection, but can be appointed empirically. This approach promotes the development of antibiotic resistance of opportunistic and saprophytic microflora of almost all habitats, including the oropharynx that can lead to dysbiotic lesions with activation of fungal flora. The aim of the study was to analyze the composition of the oropharyngeal microbiome of patients with viral and bacterial pneumonia who took antibiotics, as well as the sensitivity of fungi of the genus Candida to antifungal drugs for effective treatment of the underlying disease. Methods. The results of bacteriological examination of 113 inpatients treated with a diagnosis of COVID-19 were analyzed. Microbiological examination of oropharyngeal swabs was performed by the classical bacteriological method with dosed seeding of suspended material on differential diagnostic media (in particular Saburo medium was used for selection of fungi of the genus Candida) and genus identification by morphological, cultural, biochemical properties. Results. PCR tests were performed for all patients in the clinical trial to confirm the diagnosis of viral and bacterial pneumonia. According to the results of bacteriological examination, fungi of the genus Candida were found in 52 (46.0%) patients with pneumonia associated with COVID-19. The analysis of prescriptions showed that only 14 (26.9%) patients were treated with one antibiotic, two antibiotics were prescribed to 31 (59.6%) patients, and three – 7 (13.5%). In the structure of antibiotic therapy, the lion’s share were cephalosporins of the third generation (ceftriaxone, hepacef) – 33 (63.5%), and macrolides (azithromycin) – 16 (30.8%) patients. In the structure of the oropharyngeal microbiome, according to the results of bacteriological research, fungi of the genus Candida significantly prevailed, which were found in 52 (46.0%), and in 29 patients (25.7%) S. pneumoniae was found. The sensitivity of fungi of the genus Candida to antifungal agents was analyzed, the maximum number of resistant strains was detected to nystatin and amphotericin – 38.5% and 26.9%, with only 8 (15.3%) fungi of the genus Candida sensitive to nystatin. Conclusions. All patients with viral-bacterial pneumonia associated with COVID-19 received antibiotic therapy, the lion’s share were third-generation cephalosporins (63.5%), and macrolides – (30.8%). According to the results of bacteriological examination of the oropharyngeal microbiome after antibiotic therapy, fungi of the genus Candida predominated (46.0%), followed by S. pneumoniae (25.7 %). Isolated strains of fungi of the genus Candida showed resistance to nystatin (38.5%) and amphotericin (26.9%). Antifungal agents of the imidazole subgroup have shown high efficiency and a low percentage of resistant strains, which allows us to recommend them for the treatment of complications of COVID-19 caused by fungi of the genus Candida
Призначення антибактеріальних засобів для лікування пневмонії, що розвивається при COVID-19, є однією зі схем лікування. Антибактеріальні засоби призначаються лише за наявності підтвердженої бактеріальної ко-інфекції, проте можуть призначатися емпірично. Такий підхід сприяє розвитку антибіотикоре- зистентності умовно-патогенної та сапрофітної мікрофлори практично усіх біотопів, зокрема ротоглотки, та може призвести до дисбіотичних уражень з активізацією грибкової флори. Мета роботи —проаналізувати склад мікробіому ротоглотки пацієнтів з вірусно-бактеріальною пневмонією, що отримували антибіотики, а також чутливість грибів роду Candida до протигрибкових засобів з метою ефективної терапії основного захворювання. Методи. Проаналізовано результати бактеріологічного дослідження 113 стаціонарних пацієнтів, що перебували на лікуванні з діагнозом COVID-19. Мікробіологічне дослідження мазків із ротоглотки проводили класичним бактеріологічним методом з дозованим посівом суспензованого матеріалу на диференціально-діагностичні середовища (для виділення грибів роду Candida — середовище Сабуро) та родовою ідентифікацією за морфологічними, культуральними та біохімічними властивостями. Для дослідження чутливості до протигрибкових засобів виділених чистих культур використовували метод Кірбі-Бауера. Результати. Усім пацієнтам у комплексі клінічного дослідження для підтвердження діагнозу вірусно-бактеріальної пневмонії було проведено ПЛР тести. За результатами бактеріологічного дослідження гриби роду Candida виявлено у 52 (46.0 %) хворих на пневмонію, асоційовану з COVID-19. Аналіз листків призначень показав, що лише 14 (26.9 %) хворих лікували одним антибіотиком, два антибіотики було призначено 31 (59.6 %) пацієнту, три — 7 (13.5 %). У структурі антибіотикотерапії левову частку склали цефалоспорини III покоління (цефтріаксон, гепацеф) — 33 (63.5 %), та макроліди (азитро- міцин) — 16 (30.8 %) пацієнтів
Доп.точки доступа:
Romanyuk, L. B.
Klumnyuk, S. I.
Mykhailyshyn, H. I.
Volch, I. R.
Kravets, N. Ya.

Свободных экз. нет

Найти похожие

Trichoderma Strains – Antagonists of Plant Pathogenic Micromycetes [Text] = Штами trichoderma — антагоністи фітопатогенних мікроміцетів / Ya. I. Savchuk [та ін.] // Мікробіологічний журнал. - 2022. - Т. 84, № 1. - P24-38. - Bibliogr. at the end of the art.

MeSH-главная:
TRICHODERMA -- TRICHODERMA
Кл.слова (ненормированные):
мікроміцети -- мікопаразитизм -- біоконтроль
Аннотация: Species of the genus Trichoderma are known as the producers of many biologically active substances, in particular, enzymes that have found their practical application in many industries. In addition, the active Trichoderma strains are used as biological control agents of plant pathogenic micromycetes. Trichoderma strains are able to exhibit antagonistic properties against plant pathogens very effectively due to their peculiarities: high growth rate; synthesis of chitinolytic enzymes and secondary metabolites with antifungal activity. Thus, highly active Trichoderma strains has been successfully used to control plant pathogenic isolates of Fusarium, Alternaria, Botrytis, Sclerotinia, Verticillium, Pythium and other genera. The aim of the study was to evaluate the antagonistic activity of 100 Trichoderma strains against eight test-cultures of plant pathogenic micromycetes of different species and to select the most active strains for further studies of their physiological properties. Methods. Cultures of the studied fungi were grown on potato-dextrose agar. The antagonistic activity of fungi of the genus Trichoderma against fungal plant pathogens was carried out using the conventional method of dual culture. The percentages of growth inhibition of plant pathogens were calculated, and on the basis of these values the antagonistic activity of strains were concluded. Microsoft Excel and Origin 8.0 (OriginLab) packages were used for statistical data processing. Results. According to the results of a study of the antagonistic activity of Trichoderma strains against plant pathogenic micromycetes in general, it was shown that the strains have a high level of antifungal activity. Thus, the most numerous group (38%) of the total studied Trichoderma strains were “highly active” ones that inhibited the growth of plant pathogens from 70 to 80%. The second largest group (27%) was “moderately active” strains with 60–70% inhibition of plant pathogenic test cultures. The smallest (6%) but the most active group consisted of the “most active” strains with an average value of the inhibition more than 80%. Thus, almost three quarters (71%) of the studied Trichoderma strains showed a high level of antagonistic activity against plant pathogens with the inhibition more than 60%. In addition, only 17% of Trichoderma strains were “inactive” and 12% of them showed insufficient activity with growth inhibition of plant pathogens less than 50%. Notably, 35% of Trichoderma strains were active against all eight test cultures of plant pathogenic micromycetes. Conclusions. The studied Trichoderma strains have significant antagonistic potential both for individual strains of plant pathogenic micromycetes and for all studied plant pathogens. The involvement of a wide range of test cultures of plant pathogens, as well as significant amount (100) of Trichoderma strains allowed a more objective and systematic assessment of the antagonistic potential of fungi of this genus. Thus, our study of action of the wide range of Trichoderma strains against test cultures of different species showed that the fungi of the genus Trichoderma were effective antagonists of plant pathogenic fungi. The 38% of Trichoderma strains showed a high level of antifungal action and inhibited the growth of plant pathogens by 70% and more. Only 12% of strains showed less than 50% activity. In addition, 35% of Trichoderma strains were active against all eight tested plant pathogen test cultures. The significant amount of studied Trichoderma strains was highly active, and they can be used as a basis for further research to obtain effective biological control agents of plant pathogenic micromycetes
Види роду Trichoderma відомі як продуценти багатьох біологічно активних речовин, зокрема ферментів, що знайшли своє практичне застосування у багатьох галузях промисловості. Поряд з цим, активні штами роду Trichoderma застосовують як агенти біологічного контролю фітопатогенних мікроміцетів. Завдяки ряду особливостей (висока швидкість росту; синтез комплексу хітинолітичних ферментів; синтез вторинних метаболітів з антифунгальною активністю), штами Trichoderma здатні дуже ефективно проявляти антагоністичні властивості щодо фітопатогенів. Так, високоактивні штами p. Trichoderma успішно застосовують для контролю фітопатогенних ізолятів родів Fusarium, Allernaria, Botrytis, Sclerotinia, Verticillium, Pythium та ін. Мета. Оцінити антагоністичну активність 100 штамів роду Trichoderma щодо восьми тест- культур фітопатогенних мікроміцетів різних видів і відібрати найбільш активні штами для подальших досліджень їхніх фізіологічних властивостей. Методи. Культури досліджених грибів попередньо вирощували на картопляно-глюкозному агарі. Для визначення антагоністичної активності грибів роду Trichoderma щодо фітопатогенних грибів використовували загальноприйнятий метод дуальної культури. Обчислювали відсотки інгібування росту фітопатогенів і на основі цих значень робили висновок про активність щодо них штамів-антагоністів. Для статистичної обробки даних використовували пакети Microsoft Excel та Origin 8.0 (OriginLab). Результати. За результатами проведеного дослідження антагоністичної активності штамів Trichoderma проти фітопатогенних мікроміцетів, загалом було показано, що штами мають високий рівень антифунгальної активності. Так, найбільш чисельну групу (38 %) з усіх досліджених штамів Trichoderma складали «високоактивні» штами, які інгібували ріст фітопатогенів від 70 до 80 %. Другу за чисельністю групу (27 %) штамів складали «середньоактивні» штами з відсотком інгібування фїгоиатоген- них тест-культур 60—70 %. Найменшу за чисельністю (6 %), але найбільш активну групу складали «найактивніші» штами із середнім значенням відсотка інгібування більше 80 %. Отже, майже три чверті (71 %) досліджених штамів Trichoderma проявляли високий рівень антагоністичної активності проти фітопатогенів з інгібуванням більше 60 %. Поряд з цим, лише 17 % штамів Trichoderma були «малоактивними» і 12 % штамів проявляли недостатній рівень активності щодо інгібування росту фітопатогенів — менше за 50 %. Також слід зазначити, що 35 % штамів Trichoderma проявляли активність щодо всіх восьми досліджених тест-культур фітопатогенних мікроміцетів. Висновки. Досліджені штами Trichoderma мають значний антагоністичний потенціал як проти окремих штамів фітопатогенних мікроміцетів, так і проти усіх досліджених фітопатогенів. Залучення широкого спектру тест-культур фітопатогенів різних видів, а також значної кількості (100) штамів роду Trichoderma дозволило більш об’єктивно і системно оцінити антагоністичний потенціал грибів цього роду. Отже, наше дослідження дії широкого спектру штамів Trichoderma на тест- культури різних видів показало, що гриби роду Trichoderma є ефективними антагоністами фітопатогенних грибів. 38 % штамів Trichoderma показали високий рівень антифунгальної активності і пригнічували ріст фітопатогенів на 70 % і більше. Лише 12 % штамів виявили нижчу за 50 % активність. Крім того, 35 % штамів Trichoderma були активні проти усіх восьми тест-культур фітопатогенів. Значна кількість досліджених штамів Trichoderma виявилася високоактивною, і вони можуть бути використані як основа для подальших досліджень з метою отримання ефективних засобів біологічного контролю фітопатогенних мікроміцетів
Доп.точки доступа:
Savchuk, Ya. I.
Yurieva, O. M.
Syrchin, S. O.
Nakonechna, L. T.
Tugay, T. I.
Tugay, A. V.
Tsyhanenko, K. S.
Pavlychenko, A. K.
Kurchenko, I. M.

Свободных экз. нет

Найти похожие

In silico Identification of a Viral Surface Glycoprotein Site Suitable for the Development of Low Molecular Weight Inhibitors for Various Variants of the SARS-CoV-2 [Text] = In silico ідентифікація ділянки вірусного поверхневого глікопротеїну, придатної для розробки низькомолекулярних інгібіторів різних варіантів SARS-COV-2 / A. A. Zaremba [та ін.] // Мікробіологічний журнал. - 2022. - Т. 84, № 1. - P39-48. - Bibliogr. at the end of the art.

MeSH-главная:
ГЛИКОПРОТЕИНЫ МЕМБРАННЫЕ -- MEMBRANE GLYCOPROTEINS (анализ)
АНГИОТЕНЗИН-ПРЕВРАЩАЮЩЕГО ФЕРМЕНТА ИНГИБИТОРЫ -- ANGIOTENSIN-CONVERTING ENZYME INHIBITORS (анализ)
МУТАЦИЯ -- MUTATION
Аннотация: Severe acute respiratory syndrome-related coronavirus 2 (SARS-CoV-2) is a new coronavirus that today has an extremely significant impact on both global economy and society as a whole, due to its pandemic status and risk of complications. Therefore, understanding the molecular features of the interaction of receptor binding domain (RBD), which determines most of the dangerous properties of this pathogen, with human angiotensin-converting enzyme 2 (hACE2) is an important step in the process of developing a successful strategy to combat SARS-CoV-2. In addition, given the significant rate of accumulation of mutations in RBD, it makes sense to consider its different variants. Goal. Identification of a pocket potentially suitable for the search for low molecular weight inhibitors of interaction of different variants of SARS-CoV-2 RBD and hACE2. Methods. The initial structure of different variants of the RBD/hACE2 complex was obtained from Protein Data Bank (PDB). Separate RBD variants were isolated from the same data. To obtain the Y453F mutant, variant P.1 was mutagenized in PyMol 1.8. The construction of the system, which included the resulting associate or individual protein, solvent and physiological concentration of sodium chloride, was performed using CHARMM-GUI (graphical user interface for CHARMM) tools according to the standard protocol for glycoproteins. The actual simulation and balancing of the system was performed in GROMACS (GROningen MAchine for Chemical Simulation) version 2019.6 for 50 ns. Results. The interface of RBD/hACE2 interaction is formed by amino acids Q24, D30, H34, E35, E37, Y41, Y83, K353, D355 and R393 – for hACE2 and K417, Y453, F486, N487, Y489, Q493, Q498, T500, N501, Y505 – for RBD. However, it is heterogeneous and can be divided into two subinterfaces, and each includes its own pool of interactions: hACE2 Q24/Y83 + RBD N487, hACE2 H34 + RBD Y453, hACE2 E35 + RBD Q493 and hACE2 D30 + RBD K417 – for N- terminal relative to H1 hACE2 subinterface and hACE2 E37/R393 + RBD Y505, hACE2 K353 + RBD Q498/G502 and hACE2 D355 + RBD T500 – for C-terminal. According to the considered N501Y mutation, changes are observed in the mentioned interaction patterns – hydrogen bonds of hACE2 Q42 + RBD Q498, hACE2 K31 + RBD Q493 and hACE2 K31 + RBD F490 are formed, and hACE2 H34 + RBD Y453 is lost. Similar aberrations, except for the hydrogen bond with F490, are observed in the case of the N501Y + Y453F variant. Despite significant changes in the pool of interactions, the gross number of hydrogen bonds for the complexes of all three variants is relatively stable and ranges from 9 to 10. Between the defined interaction subinterfaces for all considered variants of RBD are characterized by the presence of a pocket, which is formed by residues R403, Y453, Q493, S494, Y495, G496, F497, Q498, N501 and Y505 conditionally original variant. According to the results of the molecular dynamics simulation, the Y453F replacement has little effect on the overall topology of the cavity, but sufficiently reduces the polarity of the pocket part of its localization, which leads to the impossibility of forming any polar interactions. In contrast, N501Y, due to the larger size of the tyrosine radical and the presence of parahydroxyl, forms two equivalent mutually exclusive hydrogen bonds with the carbonyls of the peptide groups G496 and Y495. Additional stabilization of the Y501 is provided by interplanar stacking with the Y505. In addition to the anchored position in ~ 25% of the trajectory there is another “open” conformation Y501. At which the radical of this tyrosine does not interact with the rest of the protein. Conclusions. 1) The interface of interaction of SARS-CoV-2 RBD with hACE2 is not continuous and it can be conditionally divided into two subiterfaces: N-terminal and C-terminal. Each is characterized by its own pattern of connections and changes according to the RBD N501Y and Y453F replacements we have considered. However, despite the presence of significant molecular rearrangements caused by N501Y and Y453F, the total number of hydrogen bonds is relatively the same for all mutants. 2) Between the identified interaction subinterfaces, SARS-CoV-2 RBD contains caveola, which due to its location may be potentially suitable for finding promising candidates for drugs aimed at inhibiting the interaction of this protein with hACE2. In this case, the substitutions of N501Y and Y453F have a significant impact on the topology of a particular pocket and can potentially modify the activity of inhibitors directed to this area
Інтерфейс взаємодії SARS-CoV-2 RBD з hACE2 не є суцільним, і його умовно можна поділити на два субінтерфейси: N-кінцевий та С-кінцевий, кожен з яких характеризується своїм паттерном сформованих зв’язків та змінюється відповідно до розглянутих нами амінокислотних замін RBD N501Y та Y453F. Однак, попри наявність значних молекулярних перебудов, спричинених N501Y та Y453F, загальна кількість водневих зв’язків є відносно однаковою для всіх мутантів. 2) Між ідентифікованими субінтерфейсами взаємодії SARS- CoV-2 RBD містить кавеолу, яка завдяки своєму розташуванню може бути потенційно придатною для пошуку перспективних структур та розробки на її основі ліків, направлених на інгібування взаємодії даного білка з ИАСЕ2. При цьому заміни N501Y та Y453F чинять достатньо значний вплив на топологію визначеної кишені та потенційно можуть модифікувати активність інгібіторів, направлених на цю ділянку
Доп.точки доступа:
Zaremba, A. A.
Zaremba, P. Y.
Muchnyk, F. V.
Baranova, G. V.
Zahorodnia, S. D.

Свободных экз. нет

Найти похожие

In vitro Antiviral Activity of Leaf Extracts Plantago major, Plantago lanceolata, Rubus idaeus [Text] = In vitro антивірусна активність витяжок з листя plantago major, plantago lanceolata та rubus idaeus / O. Povnitsa [та ін.] // Мікробіологічний журнал. - 2022. - Т. 84, № 1. - P49-62. - Bibliogr. at the end of the art.

MeSH-главная:
ПРОТИВОВИРУСНЫЕ СРЕДСТВА -- ANTIVIRAL AGENTS (анализ)
ЛЕКАРСТВЕННАЯ ТЕРАПИЯ -- DRUG THERAPY (методы)
ПОДОРОЖНИК -- PLANTAGO
Аннотация: Advances in organic chemistry, biochemistry, biotechnology and molecular virology have made it possible to synthesize a large number of antiviral drugs belonging to different pharmacological groups. However, one but significant disadvantage of these drugs is their significant toxicity. Therefore, along with the screening of new drugs among synthetic compounds, scientists are actively conducting research on antiviral agents of natural origin. Natural products with antiviral properties have advantages over synthetic compounds due to their low toxicity, minimal side effects, and mild action by various mechanisms. The aim of the study was to investigate the antiviral properties of aqueous-alcoholic extracts of plantain leaves (Plantago major L. and Plantago lanceolata L.), wild and garden raspberry leaves (Rubus idaeus L.) and their fermented variants on the model of human adenoviruses (HAdV3, HAdV5 and HAdV7). Methods. Determination of cytotoxicity and antiviral action of extracts was performed by standard methods using 3-(4,5-dimethylthiazol-2-yl)-2,5-diphenyltetrazolium bromide (MTT). The titer of the virus, synthesized in the presence of drugs was determined by the end of dilution of the virus, which causes 50% development of the cytopathic effect of the virus on cells (СPE). Neoflazid was used as a reference drug. Neoflazid, developed by Ecopharm (Ukraine), it contains carboxylic acids and flavonoid glycosides isolated from wild cereals Deschampsia caespitosa L. (pike, turf) and Calamagrostis epigeios L. (dugout). All studies were performed in three replicates; the number of parallel determinations was 3–4. Calculated mean values, standard deviation, mean error. Differences in averages were considered significant at p0.05. The research results were processed using Microsoft Office Excel 2010. Results. Low cytotoxicity of extracts of Plantago major L. and Rubus idaeus L. (wild) leaves and their fermented variants was shown, CC50is 3 mg/mL. For extracts from the leaves of Plantago lanceolata L. and Rubus idaeus L. (garden) and their fermented variants, the toxicity was slightly higher (CC50=1.5 mg/mL). Extracts showed either a slight antiviral effect or its complete absence when used in a prophylactic regimen. We observed effective inhibition of reproduction of adenoviruses, when using extracts after adsorption of viruses. Extract of plantain leaves in concentrations of 0.06–3 mg/mL inhibited the reproduction of HAdV5 by 68–83% and inhibited the reproduction of HAdV3 and HAdV7 in concentration 3 mg/mL by 55% and 11%, respectively. Extract of Rubus idaeus L. (wild) leaves in the concentration range of 0.06–3 mg/mL inhibited the reproduction of HAdV5 by 65–89%, HAdV3 by 41–84% and HAdV7 by 22–59%. The maximum inhibition of reproduction of HAdV3 by 34% is shown for the extract from the leaves of Rubus idaeus L. (garden) at a concentration of 0.38 mg/mL, the reproduction of other viruses was suppressed by only 4–22%. It has been shown that the extracts of plantain and wild raspberry significantly affected the infectivity of viral offspring. Extract of plantain at a concentration of 3 mg/mL inhibited the reproduction of HAdV5 by 1.5 lg, fermented extract of plantain – by 1 lg. Fermented plantain extract at a concentration of 0.06 mg/mL inhibited the formation of new viral offspring, the index of reproductive inhibition (IRI) was 1.6 lg. Both fermented and unfermented Rubus idaeus L. (wild) extract had almost the same antiviral activity, IRI was 1.45 lg – 1.6 lg. Extracts of plantain and raspberry, regardless of the concentrations used, effectively inhibited the formation of infectious offspring of the HAdV3. The maximum IRI was 1.44 lg for plantain extract and 1.5 lg for fermented plantain extract. Both raspberry extracts (fermented and non-fermented) inhibited the synthesis of adenovirus serotype 3 by 1.46 – 1.54 lg. The drug Neoflazid completely inhibited the formation of infectious adenovirus at a concentration of 7.1 μg/mL. Virulicidal activity of all extracts against human adenoviruses 3, 5 and 7 serotypes was not detected. We found different antiviral activity of extracts of wild and garden raspberry leaves; we can assume that the flavonoid composition of the extracts plays an important role in their activity. Conclusions. Our new data on a wide range of anti-adenoviral activity of plantain and raspberry extracts is a prerequisite for further studies of the properties of individual components of extracts, in order to create an anti-adenoviral drug and recommendations for its pharmacological use
Досягнення органічної хімії, біохімії, біотехнології та молекулярної вірусології дали змогу синтезувати велику кількість противірусних препаратів, іцо належать до різних фармакологічних груп. Поряд із скринінгом нових синтетичних сполук активно проводяться дослідження противірусних засобів природного походження. Натуральні продукти з противірусними властивостями мають переваги перед синтетичними сполуками завдяки низькій токсичності, мінімальним побічним ефектам та м’якій дії за різними механізмами. Мстою дослідження було вивчити цитотоксичну, віруліцидну та противірусну дію водно-спиртових витяжок з листя подорожника великого (Plantago major L.), подорожника ланцетолистого (Plantago lanceolata ІД малини дикої і садової (Rubus idaeus L.) та їхніх ферментованих варіантів щодо аденовірусів людини — 3, 5, 7 серотипів (IIAdV3, HAdV5, IIAdV7)
Доп.точки доступа:
Povnitsa, O.
Bilyavska, L.
Pankivska, Yu.
Likhanov, A.
Dorovskyh, A.
Lysenko, V.
Lokshin, M.
Zahorodnia, S. D.

Свободных экз. нет

Найти похожие

The Role of Intestinal Microbiota and Its Recovery in COVID-19 [Text] = Роль кишкового мікробіома та його відновлення при COVID-19 / S. Starovoitova [та ін.] // Мікробіологічний журнал. - 2022. - Т. 84, № 1. - P63-71. - Bibliogr. at the end of the art.

MeSH-главная:
МИКРОБИОТА -- MICROBIOTA
ПРОБИОТИКИ -- PROBIOTICS (анализ)
КОРОНАВИРУСНЫЕ ИНФЕКЦИИ -- CORONAVIRUS INFECTIONS (профилактика и контроль)
Аннотация: Today, during the SARS-CoV-2 pandemic, when there are no clear therapeutic strategies for prevention and treatment, attention should be paid to alternative treatments, which may include the use of bacteriotherapeutic drugs based on probiotic microorganisms, i.e. representatives of the host normobiota. Experimental data show that changes in immune balance in patients with SARS-CoV-2 may be mediated by corresponding changes in the host intestinal microbiota. This statement is especially significant for the elderly, whose intestinal biota is less diverse. Especially the number of useful representative’s decreases, which leads to greater sensitivity of the older generation to SARS-CoV-2. The composition and function of the intestinal microbiota may be a potential biological mechanism responsible for the diversity of susceptibility of different groups of people to SARS-CoV-2. A bidirectional connection along the intestinelung axis due to soluble microbial metabolites transported by the bloodstream is shown. The intestinal microbiota produces many diffusing metabolites with immunomodulatory properties. Given the potential beneficial effects of bacteriotherapeutic drugs and functional foods enriched with probiotic microbiota during respiratory viral infection, their use as therapeutic agents during SARS-CoV-2 infection can be considered. Since the microbiota can be maintained using adequate, safe, and relatively inexpensive bacteriotherapeutic drugs (pro-, pre-, para-, post-, synbiotics, immunobiotics, functional foods enriched with probiotic microorganisms, etc.), their use should be considered as adjunctive therapy to limit SARS-CoV-2 progression in infected patients or as a prophylactic strategy for uninfected people at risk during the expansion of SARS-CoV-2
Сьогодні, під час пандемії, викликаної вірусом SARS-CoV-2, коли немає чітких терапевтичних стратегій профілактики та лікування, слід звернути увагу на альтернативні методи терапії, які можуть включати в себе використання бактеріотерапевтичних препаратів на основі пробіотичних мікроорганізмів — представників нормобіоти господаря. Експериментальні дані показують, що зміни імунного балансу у пацієнтів із SARS-CoV-2 можуть бути опосередковані відповідними змінами мікробіоти кишківника господаря. Це твердження особливо актуальне для людей похилого віку, у яких кишкова біота менш різноманітна, особливо зменшується кількість її корисних представників, що призводить до більшої чутливості старшого покоління до SARS-CoV-2. Склад та функція кишкової мікробіоти можуть бути потенційним біологічним механізмом, відповідальним за різноманітність сприйнятливості різних груп людей до SARS-CoV-2. Показано двонаправлений зв’язок через вісь кишечник-легені за рахунок розчинних мікробних метаболітів, що транспортуються кровотоком. Представники облігатної мікробіоти кишечника продукують безліч дифузних метаболітів з імуномодулювальними властивостями. Враховуючи потенційні позитивні ефекти бактеріотерапевтичних препаратів та функціональних продуктів харчування, збагачених пробіотичними мікроорганізмами, можна розглянути можливість їх використання у якості лікувально-профілактичних засобів при інфекції, викликаній SARS-CoV-2
Доп.точки доступа:
Starovoitova, S.
Demchenko, O.
Bila, V.
Spivak, M.

Свободных экз. нет

Найти похожие

Dahikar, S. B.
DNA Repair Enzymes as Therapeutic Agents: a Review [Text] = Ферменти для відновлення днк як лікувальні засоби / S. B. Dahikar, S. A. Bhutada // Мікробіологічний журнал. - 2022. - Т. 84, № 1. - P72-79. - Bibliogr. at the end of the art.

MeSH-главная:
ДНК ПОВРЕЖДЕНИЕ -- DNA DAMAGE (действие лекарственных препаратов)
ГЕНОМ -- GENOME
СОЛНЦЕЗАЩИТНЫЕ СРЕДСТВА -- SUNSCREENING AGENTS (анализ, фармакология)
НОВООБРАЗОВАНИЯ -- NEOPLASMS (генетика, профилактика и контроль)
Кл.слова (ненормированные):
фотостаріння
Аннотация: DNA damage is long recognized factor for development and progression of cancer in humans. Genome instability is the leading factor behind development of cancer. There are some DNA repair pathways and DNA damage checkpoints present in all creatures, without them the functional stability gets compromised. Impaired DNA repair results in genomic instability leading to development of cancer, limited lifespan, early ageing. UV rays and Ionizing radiations are the major exogenous forces responsible for DNA damage, causing lesions in DNA. These lesions are cause of photoageing. Protection administered by conventional sunscreen is merely prophylactic if lesions have already occurred. There is an increasing demand for such product which can reverse or delay the effects of photoageing thus the protection offered by conventional sunscreen can be improved. This review focuses on recent developments on involvement of various DNA repair enzymes in treatment of cancer as well as in skincare products such as sunscreen
Пошкодження ДНК — недавно визнаний фактор розвитку та прогресування раку у людини. Нестабільність геному є провідним чинником розвитку раку. У всіх істот є певні шляхи відновлення ДНК та контрольні пункти пошкодження ДНК, без яких функціональна стабільність порушується. Порушення репарації ДНК веде до геномної нестабільності, що призводить до розвитку раку, обмеженого терміну життя та раннього старіння. УФ-промені та іонізуюче випромінювання є основними екзогенними факторами, що відповідають за пошкодження ДНК та викликають її ураження. Ці ураження є причиною фотостаріння. Захист за допомогою звичайного сонцезахисного крему є лише профілактичним. Він не діє, якщо пошкодження вже відбулося. Попит на таку продукцію, яка може скасувати або затримати фотостаріння, зростає, і, таким чином, захист, що забезпечується звичайними сонцезахисними кремами, може бути покращений. Цей огляд зосереджений на останніх розробках щодо участі різних ферментів, що відновлюють ДНК, у лікуванні раку, а також на засобах по догляду за шкірою, таких як сонцезахисний крем
Доп.точки доступа:
Bhutada, S. A.

Свободных экз. нет

Найти похожие

The 85th Anniversary of Academician of the National Academy of Sciences of Ukraine V. S. Pidhorskyi [Text] // Мікробіологічний журнал. - 2022. - Т. 84, № 1

Аннотация: Valentyn Stepanovych Pidhorskyi, a well-known Ukrainian scientist in the field of microbiology and biotechnology, Academician of the National Academy of Sciences of Ukraine, Laureate of the State Prize of Ukraine in the field of science and technology and the Prizes of the National Academy of Sciences of Ukraine named after D.K.
Валентин Степанович Подгорский, известный украинский учёный в области микробиологии и биотехнологии, академик Национальной академии наук Украины, лауреат Государственной премии Украины в области науки и техники и премий Национальной академии наук Украины
Свободных экз. нет

Найти похожие

Тематический навигатор

Статистика обращений

© Международная Ассоциация пользователей и разработчиков электронных библиотек и новых информационных технологий
(Ассоциация ЭБНИТ)